Πρόταση για πρόγραμμα στο Κέντρο υποβάλλει ο Επιστημονικός Υπεύθυνος (ΕΥ). Οι Επιστημονικά Υπεύθυνοι των προγραμμάτων εκπαίδευσης είναι μέλη Δ.Ε.Π. του Πολυτεχνείου Κρήτης, συμπεριλαμβανομένων, μετά από ειδική απόφαση του Συμβουλίου του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ. και των αφυπηρετησάντων. Επιστημονικά Υπεύθυνοι προγραμμάτων εκπαίδευσης μπορούν να είναι και μέλη Ε.Ε.Π., Ε.ΔΙ.Π. και Ε.Τ.Ε.Π. μετά από τη σύμφωνη γνώμη της Γενικής Συνέλευσης της Σχολής ή της Συνέλευσης Τμήματος ή της Συγκλήτου.
Υπάρχουν δύο είδη προτάσεων:
Κάθε πρόγραμμα εκπαίδευσης, ανεξάρτητα από τη διάρκεια και το πλαίσιο στο οποίο υποβάλλεται, αξιολογείται ως προς τη σκοπιμότητα και την εκπαιδευτική του επάρκεια. Η διαδικασία έγκρισης ακολουθεί τα εξής στάδια:
Το Κέντρο μπορεί να συνάπτει προγραμματικές συμφωνίες και συμπράξεις για την υλοποίηση προγραμμάτων με άλλα Πανεπιστημιακά Ιδρύματα ή αναγνωρισμένα ερευνητικά και πολιτιστικά Ιδρύματα της ημεδαπής. Επίσης, μπορεί να συνεργάζεται με παραγωγικούς, επαγγελματικούς ή/και επιστημονικούς φορείς και εκπαιδευτικά ιδρύματα εφόσον το σχετικό σχέδιο συμφωνητικού εγκριθεί από το Συμβούλιο του Κέντρου με κριτήρια την αποστολή και το κύρος του Πολυτεχνείου Κρήτης. Τα σχέδια των προγραμματικών συμφωνιών-συμπράξεων ή συνεργασιών κατατίθενται στο Συμβούλιο του Κέντρου και περιλαμβάνουν τους τομείς και τον τρόπο συνεργασίας κατά τρόπο ώστε να διασφαλίζεται η διανοητική ιδιοκτησία του Ιδρύματος και να προκύπτει ότι η σχετική συμφωνία είναι επ' ωφέλειά του. Μετά την έγκρισή τους από το Συμβούλιο του Κέντρου τα σχέδια διαβιβάζονται προς την Επιτροπή Ερευνών ή/και τη Σύγκλητο όπου απαιτείται. Ομοίως αντιμετωπίζονται και οι συνεργασίες με εξωτερικούς φορείς για την υλοποίηση συγκεκριμένων έργων, μελετών, ανάπτυξη εκπαιδευτικού υλικού και εκπαιδευτικών προγραμμάτων. Στις περιπτώσεις αυτές κατατίθεται σχέδιο συμφωνητικού μεταξύ του Πανεπιστημίου και των τρίτων φορέων, στο οποίο περιγράφονται τα αντικείμενα, οι ρόλοι και οι οικονομικοί όροι της συνεργασίας και το οποίο εφόσον εγκριθεί προωθείται στην Επιτροπή Ερευνών προς έλεγχο και υπογραφή.
Η πρόταση προς τον φορέα χρηματοδότησης αξιολογείται και εγκρίνεται, πριν από την υποβολή της, από το Συμβούλιο του Κέντρου ως προς:
Επίσης υπάρχει η δυνατότητα συνεργασίας με εξωτερικούς φορείς είτε για τη συμμετοχή σε χρηματοδοτούμενα προγράμματα, είτε για τη δημιουργία αυτοχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων.